Lo Stromboli é costituito da varie unità morfologiche: l’ antico strato-vulcano (Paleostromboli) costituito dalla Serra Vàncori (924 m) a sud e sudest e dalla Cima (918 m); l’ attuale cratere (Neostromboli) con cinque bocche attive; il neck di Strombolicchio (57 m). Gli studiosi hanno individuato due cicli di attività: nel più antico, alla fine del Würm, tra 40.000 e 12.000 anni fa, si formò lo strato-vulcano di Vàncori e successivamente la Cima più a nord (Paleostromboli).
Nella stessa epoca da un’ eruzione laterale ebbe origine anche Strombolicchio. Nel secondo ciclo, risalente all’ inizio del periodo postglaciale, la porzione nordoccidentale del Paleostromboli sprofondò negli abissi, sostituita presto da un altro vulcano (Neostromboli) appoggiatosi sui resti del precedente. A questa formazione appartiene il cratere attualmente attivo del vulcano (la Fossa).
I due terzi del perimetro attuale dell’ isola sono costituiti da ciò che resta del cono vulcanico del Paleostromboli. Dopo millenni, anche la parte nordoccidentale del Neostromboli è sprofondata e, conseguentemente, il cratere si è venuto a trovare sul margine dello scendimento, formando il piano inclinato della Sciara del Fuoco. Al livello del mare essa è lunga circa un chilometro. La Sciara prosegue sotto il livello del mare, fino a una profondità di almeno 500 metri.
Lo Stromboli è un classico esempio di vulcano a strato, di forma conica e con pendenze accentuate. Rientrano in questa tipologia i vulcani nei quali si ha un’ alternanza di colate laviche e di esplosioni con emissione di materiali incoerenti (pomici, lapilli, ceneri, ecc.).
